健全的工资支付监控和保障制度，是保障农民工工资足额发放的又一利器， 对此《意见》也作了细致的说明和要求。指出，建立和完善欠薪预警系统，根据工商、税务、银行、水电供应等单位反映的企业生产经营状况相关指标变化情况，定期对重点行业企业进行综合分析研判，发现欠薪隐患要及时预警并做好防范工作。
在建筑市政、交通、水利等工程建设领域全面实行工资保证金制度，逐步将实施范围扩大到其他易发生拖欠工资的行业。在工程建设领域，实行人工费用与其他工程款分账管理制度，推动农民工工资与工程材料款等相分离。农民工工资（劳务费）专用账户应向人力资源社会保障部门和交通、水利等工程建设项目主管部门备案，并委托开户银行负责日常监管，确保专款专用。开户银行发现账户资金不足、被挪用等情况，应及时向人力资源社会保障部门和交通、水利等工程建设项目主管部门报告。
《通知》与之对应的，在加快建立健全保障工资支付长效机制的要求中指出，各地要按照国办发〔2016〕1号文件要求，抓紧在工程建设领域全面实行农民工实名制管理，落实按月足额支付工资法律规定，推行银行代发工资制度。同时，加快建立和完善企业劳动保障守法诚信制度、工资支付监控制度、工资保证金制度、农民工工资（劳务费）专用账户管理制度、欠薪应急周转金制度等，进一步有效预防和解决拖欠农民工工资问题。

推进企业工资支付诚信体系建设 建立健全企业失信联合惩戒机制

诚信是企业的生命力，任何企业的健康发展都必须建立在诚信守实的基础上，企业诚信体现在方方面面，对于农民工工资的发放问题就是企业诚信的重要一面。不管出于怎样的原因，恶意或者故意扣发、拖发、截留、挪用农民工工资的行为都是不能容忍的。
对此，《意见》作了严格说明，要求建立拖欠工资企业“黑名单”制度，定期向社会公开有关信息。加强对企业失信行为的部门协同监管和联合惩戒，对拖欠工资的失信企业，由有关部门在政府资金支持、政府采购、招投标、生产许可、履约担保、资质审核、融资贷款、市场准入、评优评先等方面依法依规予以限制，使失信企业在全国范围内“一处违法、处处受限”，提高企业失信违法成本。
对于恶意欠薪企业的查处，《通知》要求的更是明确，“对无故拖欠农民工工资数额大、时间长、性质恶劣的企业，在依法进行处理的同时，要按照《劳动保障监察条例》有关规定向社会公布并记入违法失信黑名单。对恶意拖欠农民工工资、情节严重的，还可依法责令停业整顿、降低或取消建筑施工企业资质，直至吊销营业执照。”

依法处置拖欠工资案件 严厉查处拖欠工资行为

对于恶意拖欠工资的行为和案件，必须要用强硬手段，用铁的手腕来处理，对于涉及到的拖欠工资的企业和个人处理时坚决不姑息不袒护，坚决依法处理。《意见》的相关条文对此也作了明了的要求，完善劳动保障监察行政执法与刑事司法衔接机制，健全劳动保障监察机构、公安机关、检察机关、审判机关间信息共享、案情通报、案件移送等制度，推动完善人民检察院立案监督和人民法院及时财产保全等制度。对恶意欠薪涉嫌犯罪的，依法移送司法机关追究刑事责任，切实发挥刑法对打击拒不支付劳动报酬犯罪行为的威慑作用。